Após passar pela capital, o Rio Tietê continua recebendo a poluição de rios e córregos que deságuam nele, como o Pinheiros, até a cidade de Jundiaí. Mas não é em toda a extensão do rio que se vê poluição. Em Itu, Porto Feliz e Salto pode-se observar espuma, nascida do turbilhonamento das águas nas quedas e corredeiras, o que contribui para oxigená-lo e diminuir sua sujeira.
Seguindo para o interior, o rio percorre rochas de origem vulcânica, atravessa as serras do Tabuleiro e de Botucatu e, finalmente, chega limpo à Barra Bonita. Nesta cidade, o rio é volumoso e navegável na maior parte de seu curso. De lá, ainda existe um longo caminho até alcançar a fronteira entre os Estados de São Paulo e Mato Grosso do Sul, onde irá desaguar no rio Paraná. Na maior parte desse trecho, há peixes vivendo em suas águas. No total, o rio possui 1,1 mil quilômetros de extensão.
No Estado de São Paulo, o Tietê está presentes em 56 municípios. São eles: Adolfo, Andradina, Anhembi, Araçatuba, Arealva, Barbosa, Bariri, Barra Bonita, Barueri, Birigui, Biritiba Mirim, Boracéia, Borborema, Buritama, Cabreúva, Cafelândia, Castilho, Conchas, Guarulhos, Iacanga, Ibitinga, Igaraçu do Tietê, Itaju, Itapuí, Itapura, Itaquaquecetuba, Itu, Jaú, José Bonifácio, Laranjal Paulista, Macatuba, Mineiros do Tietê, parte de Mogi das Cruzes, Novo Horizonte, Osasco, Pederneiras, Penápolis, Pereira Barreto, Pirapora do Bom Jesus, Pongaí, Porto Feliz, Promissão, Reginópolis, Sabino, Sales, Salesópolis, Salto, Santa de Parnaíba, Santo Antonio do Aracanguá, São Manuel, São Paulo, Sud Menucci, Suzano, Tietê, Ubarana e Zacarias.